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Post-doctorat (H/F) en métagénomique des communautés microbiennes digestives
Le projet de post-doctorat s'inscrit dans le cadre d’un projet ANR qui étudie l’influence du microbiote digestif des détritivores sur la décomposition des litières de feuilles dans les écosystèmes d’eau douce (projet DIET https://shorturl.at/yqHet).
Le processus de dégradation de la litière végétale est central dans le cycle du carbone, et nous savons maintenant que les milieux d’eau douce y contribuent significativement à l’échelle globale. De nombreuses études d'écologie fonctionnelle se sont intéressées au rôle des détritivores (macro-invertébrés qui fragmentent les feuilles mortes) et à leurs capacités métaboliques de dégradation de la lignocellulose, car l’action de ces organismes décomposeurs permet le transfert du carbone et des nutriments contenus dans les feuilles vers les autres compartiments de l’écosystème. Cependant ces détritivores ont été considérés à l’échelle de “l’holobionte”, leur rôle intrinsèque n’a donc jamais été discriminé de celui de leur microbiote digestif, ce qui limite notre compréhension de ce processus écosystémique.
L’objectif de ce projet est donc d’évaluer l’influence du microbiote digestif des détritivores sur la décomposition de la litière végétale et sur les flux de carbone qui en découlent dans les milieux d’eau douce. Pour cela, la personne recrutée appliquera des approches de métagénomique et d’isotopie sur les communautés microbiennes digestives d’isopodes détritivores (modèle biologique utilisé depuis une quinzaine d’années dans l’équipe d’accueil), afin de déterminer si leur tube digestif est un bioréacteur du processus de dégradation.
La personne recrutée sera en charge de la caractérisation fonctionnelle du microbiote digestif des isopodes par approche métagénomique. La priorité sera d’identifier les fonctions de dégradation de la lignocellulose portées par les communautés digestives, sur plusieurs individus pour une dizaine d’espèces. Ces données permettront également de comparer les répertoires de gènes du microbiote entre individus et entre espèces, et ainsi d’estimer s’il existe un “core-répertoire” de gènes de dégradation dans ces communautés digestives.
La personne recrutée sera également en charge du développement d’une approche expérimentale de marquage isotopique de l’ADN (DNA-SIP) qui permettra d’identifier quelles espèces du microbiote digestif dégradent effectivement la lignocellulose, et si ces espèces clefs varient entre espèces de détritivores. Ces données permettront d’estimer le niveau de redondance fonctionnelle des communautés actives dans la dégradation des composés végétaux.
Pour mener à bien ses missions, la personne recrutée pourra s’appuyer sur la plateforme d'Écologie Moléculaire du laboratoire, ainsi que sur un ou une ingénieure bioinformatique recrutée sur le même projet ANR afin de soutenir la gestion et l’analyse des données de séquençage.
Activités
- Acquisition des données de métagénomique (très certainement avec la technologie long-reads Nanopore) sur les communautés digestives d’isopodes collectés in situ
- Développement et mise en place du protocole d’ADN-SIP
- Expérimentations en conditions contrôlées et stériles
- Analyse des données de séquençage : caractérisation du répertoire fonctionnel des communautés digestives, focus sur les enzymes dégradant la lignocellulose (CAZymes), annotation de gènes, analyses comparatives (inter-individus, inter-espèces)
- Assurer la traçabilité et reproductibilité des analyses de biologie moléculaire et bio-informatiques.
- Présentation des résultats, rédaction de publications
- Possibilité d’encadrer un ou une stagiaire de Master dans le cadre du projet ANR
Compétences
Différents profils peuvent correspondre à ce poste :
solides compétences en biologie moléculaire appliquée aux nouvelles technologies de séquençage (extractions, préparations de librairies de séquençage). Des bases en bioinformatique, que vous souhaitez développer avec un appui en interne.
solides compétences en analyse bioinformatique de données (méta)génomiques (assemblage, annotation de gènes, design et implémentation de scripts, de pipelines, utilisation d’un cluster de calcul). Des bases en biologie moléculaire, que vous souhaitez développer avec un appui en interne.
- Curiosité pour l’aspect interdisciplinaire du projet, et l’envie de se former à de nouvelles approches pour compléter vos compétences.
- Aptitude à travailler en équipe
- Autonomie (organisation du travail)
Une expérience en ADN-SIP, ainsi que des compétences en microbiologie, ne sont pas requises mais seront considérées comme des atouts.
Contexte de travail
La personne recrutée sera basée au LEHNA (Laboratoire d’Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés) à l’Université Lyon 1, sur le campus de la Doua. Au travers de la fédération de recherche BioEEnViS, notre laboratoire assure un accès à des plateformes de biologie moléculaires, à des espaces d’expérimentations en conditions stériles, et à un cluster de calcul. Plusieurs projets de métagénomique sont actuellement développés dans le laboratoire, ce qui assure un environnement de travail stimulant et porteur.
Ce poste est à pourvoir pour une durée de 22 à 30 mois (selon expérience), financé dans le cadre d’un projet ANR JCJC (2023-2027). Salaire selon grille salariale CNRS (prise en compte des années d’expérience). Le poste est à pourvoir à partir de Février 2025, et dès que possible.
La personne recrutée sera basée au LEHNA (Laboratoire d’Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés) à l’Université Lyon 1, sur le campus de la Doua. Au travers de la fédération de recherche BioEEnViS, notre laboratoire assure un accès à des plateformes de biologie moléculaires, à des espaces d’expérimentations en conditions stériles, et à un cluster de calcul. Plusieurs projets de métagénomique sont actuellement développés dans le laboratoire, ce qui assure un environnement de travail stimulant et porteur.
Ce poste est à pourvoir pour une durée de 22 à 30 mois (selon expérience), financé dans le cadre d’un projet ANR JCJC (2023-2027). Salaire selon grille salariale CNRS (prise en compte des années d’expérience). Le poste est à pourvoir à partir de Février 2025, et dès que possible.
Le processus de dégradation de la litière végétale est central dans le cycle du carbone, et nous savons maintenant que les milieux d’eau douce y contribuent significativement à l’échelle globale. De nombreuses études d'écologie fonctionnelle se sont intéressées au rôle des détritivores (macro-invertébrés qui fragmentent les feuilles mortes) et à leurs capacités métaboliques de dégradation de la lignocellulose, car l’action de ces organismes décomposeurs permet le transfert du carbone et des nutriments contenus dans les feuilles vers les autres compartiments de l’écosystème. Cependant ces détritivores ont été considérés à l’échelle de “l’holobionte”, leur rôle intrinsèque n’a donc jamais été discriminé de celui de leur microbiote digestif, ce qui limite notre compréhension de ce processus écosystémique.
L’objectif de ce projet est donc d’évaluer l’influence du microbiote digestif des détritivores sur la décomposition de la litière végétale et sur les flux de carbone qui en découlent dans les milieux d’eau douce. Pour cela, la personne recrutée appliquera des approches de métagénomique et d’isotopie sur les communautés microbiennes digestives d’isopodes détritivores (modèle biologique utilisé depuis une quinzaine d’années dans l’équipe d’accueil), afin de déterminer si leur tube digestif est un bioréacteur du processus de dégradation.
La personne recrutée sera en charge de la caractérisation fonctionnelle du microbiote digestif des isopodes par approche métagénomique. La priorité sera d’identifier les fonctions de dégradation de la lignocellulose portées par les communautés digestives, sur plusieurs individus pour une dizaine d’espèces. Ces données permettront également de comparer les répertoires de gènes du microbiote entre individus et entre espèces, et ainsi d’estimer s’il existe un “core-répertoire” de gènes de dégradation dans ces communautés digestives.
La personne recrutée sera également en charge du développement d’une approche expérimentale de marquage isotopique de l’ADN (DNA-SIP) qui permettra d’identifier quelles espèces du microbiote digestif dégradent effectivement la lignocellulose, et si ces espèces clefs varient entre espèces de détritivores. Ces données permettront d’estimer le niveau de redondance fonctionnelle des communautés actives dans la dégradation des composés végétaux.
Pour mener à bien ses missions, la personne recrutée pourra s’appuyer sur la plateforme d'Écologie Moléculaire du laboratoire, ainsi que sur un ou une ingénieure bioinformatique recrutée sur le même projet ANR afin de soutenir la gestion et l’analyse des données de séquençage.
Activités
- Acquisition des données de métagénomique (très certainement avec la technologie long-reads Nanopore) sur les communautés digestives d’isopodes collectés in situ
- Développement et mise en place du protocole d’ADN-SIP
- Expérimentations en conditions contrôlées et stériles
- Analyse des données de séquençage : caractérisation du répertoire fonctionnel des communautés digestives, focus sur les enzymes dégradant la lignocellulose (CAZymes), annotation de gènes, analyses comparatives (inter-individus, inter-espèces)
- Assurer la traçabilité et reproductibilité des analyses de biologie moléculaire et bio-informatiques.
- Présentation des résultats, rédaction de publications
- Possibilité d’encadrer un ou une stagiaire de Master dans le cadre du projet ANR
Compétences
Différents profils peuvent correspondre à ce poste :
solides compétences en biologie moléculaire appliquée aux nouvelles technologies de séquençage (extractions, préparations de librairies de séquençage). Des bases en bioinformatique, que vous souhaitez développer avec un appui en interne.
solides compétences en analyse bioinformatique de données (méta)génomiques (assemblage, annotation de gènes, design et implémentation de scripts, de pipelines, utilisation d’un cluster de calcul). Des bases en biologie moléculaire, que vous souhaitez développer avec un appui en interne.
- Curiosité pour l’aspect interdisciplinaire du projet, et l’envie de se former à de nouvelles approches pour compléter vos compétences.
- Aptitude à travailler en équipe
- Autonomie (organisation du travail)
Une expérience en ADN-SIP, ainsi que des compétences en microbiologie, ne sont pas requises mais seront considérées comme des atouts.
Contexte de travail
La personne recrutée sera basée au LEHNA (Laboratoire d’Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés) à l’Université Lyon 1, sur le campus de la Doua. Au travers de la fédération de recherche BioEEnViS, notre laboratoire assure un accès à des plateformes de biologie moléculaires, à des espaces d’expérimentations en conditions stériles, et à un cluster de calcul. Plusieurs projets de métagénomique sont actuellement développés dans le laboratoire, ce qui assure un environnement de travail stimulant et porteur.
Ce poste est à pourvoir pour une durée de 22 à 30 mois (selon expérience), financé dans le cadre d’un projet ANR JCJC (2023-2027). Salaire selon grille salariale CNRS (prise en compte des années d’expérience). Le poste est à pourvoir à partir de Février 2025, et dès que possible.
La personne recrutée sera basée au LEHNA (Laboratoire d’Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés) à l’Université Lyon 1, sur le campus de la Doua. Au travers de la fédération de recherche BioEEnViS, notre laboratoire assure un accès à des plateformes de biologie moléculaires, à des espaces d’expérimentations en conditions stériles, et à un cluster de calcul. Plusieurs projets de métagénomique sont actuellement développés dans le laboratoire, ce qui assure un environnement de travail stimulant et porteur.
Ce poste est à pourvoir pour une durée de 22 à 30 mois (selon expérience), financé dans le cadre d’un projet ANR JCJC (2023-2027). Salaire selon grille salariale CNRS (prise en compte des années d’expérience). Le poste est à pourvoir à partir de Février 2025, et dès que possible.
Publiée le 26/12/2024
